Alterando o CLSIT

//Montando as seções
JSONObject clsitJson = new JSONObject();
JSONObject clisitefSectionJson = new JSONObject();
JSONObject geralSection = new JSONObject();
clisitefSectionJson.put("DiretorioTrace", "./files2");
geralSection.put("TransacoesHabilitadas", "7;8;20;29;42;3006;3014;3020;3021;3022;3027;3028;3029;3030;3031;3203;3321;3322;3323");
clsitJson.put("CliSiTef", clisitefSectionJson);
clsitJson.put("Geral", geralSection);
i.putExtra("clsit", clsitJson.toString());

Veja no CLSIT abaixo que as chaves DiretorioTrace e TrancacoesHabilitadas foram atualizadas com os valores enviados pelo exemplo acima, importante ressaltar que caso a chave não exista ela será adicionada na seção enviada e se já existir seu valor será mesclado com os valores já existentes.

[CliSiTef]
DiretorioTrace=./files2
HabilitaTrace=1
TraceRotativo=20
TamanhoTraceRotativo=122880
[CliSiTefI]
DiretorioTrace=./files
HabilitaTrace=1
[Geral]
TransacoesHabilitadas=7;8;20;29;42;3006;3014;3020;3022;3021;3027;3028;3029;3030;3031;3221;3322;3323;