Adicionando Campos

JSONObject geralSection = new JSONObject();

geralSection.put("HabilitaColetaTaxaEmbarque", "1");

geralSection.put("ColetaValorEntradaIATA", "1");

JSONObject novaSecao = new JSONObject();

novaSecao.put("NovaChave", "NovoValor");

clsitJson.put("NovaSecao", novaSecaoJson);

clsitJson.put("Geral", geralSection);

i.putExtra("clsit", clsitJson.toString());

Veja abaixo que as chaves HabilitaColetaTaxaEmbarque e ColetaValorEntradaIATA foram adicionadas a seção Geral e que a seção NovaSecao foi criada, pois ela ainda não existia.

[CliSiTef]

DiretorioTrace=./files

HabilitaTrace=1

TraceRotativo=20

TamanhoTraceRotativo=122880

[CliSiTefI]

DiretorioTrace=./files

HabilitaTrace=1

[Geral]

TransacoesHabilitadas=7;8;16;26;27;28;30;40;43;56;57;58;3203;3624;3627

HabilitaColetaTaxaEmbarque=1

[NovaSecao]

NovaChave=NovoValor