Existem alguns pontos entre o m-SiTef e a CliSiTef que vale a pena ressaltar.

m-SiTef

É um aplicativo desenvolvido tanto para celular ou tablet como em POS, que realiza transações (TEF) através do servidor SiTef. Esse aplicativo contem a biblioteca CliSiTef e retira a responsabilidade do integrador de controlar os fluxos das transações, necessário pelo protocolo da CliSiTef. Pode ser acionado por outro app ou via Intent ou via Deeplink.

Positivo	Negativo
Fácil de integrar com o aplicativo do cliente	Não há possibilida de customizar a tela de pagamento
Não exige muito desenvolvimento para se integrar	Compatível apenas com o sistema Android
-	Não é compatível com todas as funcionalidades da CliSiTef (e.g. múltiplos pagamentos)

CliSiTef

É uma biblioteca que interage com o SiTef e possibilita o integrador a controlar os fluxos de transações, isso permite total liberdade na inclusão de novos produtos e meios de pagamentos, desde que acompanhe a evolução do SiTef. Responsável pelo fluxo e processamento de cartões. Aciona o hardware de captura de transações através do protocolo ABECS/BC. Possui um fluxo interativo para coleta e retorno de parâmetros transacionais.

Positivo	Negativo
Há possibilidade de costumizar a tela de pagamento	Exige um desenvolvimento mais complexo, baseado em máquinas de estados, para se integrar ao SiTef
Compatível outros sistemas	Integração da aplicação deve ser feita através da lib CliSiTef